O Νικόλαος Κοντουδάκης αποφοίτησε από το Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών, με κατεύθυνση Αμπελουργία-Δενδροκομία το 2005. Στη συνέχεια ακολούθησε διδακτορικές σπουδές στον τομέα της Τεχνολογίας Οίνου στο Πανεπιστήμιο Rovira i Virgili (Ταρραγόνα, Ισπανία). Κατά τη διάρκεια των διδακτορικών του σπουδών (2006-2010) αλλά και μετέπειτα, ως μέλος της ερευνητικής ομάδας του εργαστηρίου «Τεχνολογίας Οίνου» του ιδίου Πανεπιστημίου, ασχολήθηκε με ένα ευρύ πεδίο ερευνητικών θεμάτων που αφορούσαν επεμβάσεις στον αμπελώνα, επιδράσεις της χημικής σύνθεσης των σταφυλιών στον οίνο και πλήθος οινολογικών κατεργασιών στη διάρκεια της αλκοολικής ζύμωσης, της παλαίωσης και της εμφιάλωσης του οίνου.
Την περίοδο 2014-2019 εργάστηκε ως μεταδιδακτορικός επιστημονικός συνεργάτης στο ερευνητικό κέντρο National Wine and Grape Industry Centre, του Πανεπιστημίου Charles Sturt (Wagga Wagga, Αυστραλία) μελετώντας την επίδραση των μετάλλων στα χαρακτηριστικά του οίνου. Το 2019 εντάχθηκε στην ερευνητική ομάδα του εργαστηρίου Οινολογίας και Αλκοολούχων Ποτών του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών ως μεταδιδακτορικός και ακαδημαϊκός υπότροφος και ασχολήθηκε με την μελέτη ελληνικών ποικιλιών οίνου, όπως και αποσταγμάτων. Από το 2022 εργάζεται ως επίκουρος καθηγητής με γνωστικό αντικείμενο «Τεχνολογίες Οινοποίησης» στο Τμήμα Αγροτικής Βιοτεχνολογίας και Οινολογίας του Διεθνούς Πανεπιστημίου Ελλάδος με έδρα τη Δράμα.
Έχει 40 επιστημονικές δημοσιεύσεις σε διεθνή περιοδικά με κριτές, πλήθος ανακοινώσεων σε διεθνή συνέδρια και είναι αρχισυντάκτης στο διεθνές τεχνικό περιοδικό IVES Technical Reviews.